Yayasan Ponpes SPMAA dalam menggiatkan aktifitasnya senantiasa berpedoman pada nilai dasar kelembagaan yang disebut Tiga Proyek Besar Umat Manusia:

1. Mengenal Allah Secara Mendekat dan Mendasar
2. Melatih Diri Mengetahui Musuh Ghaib
   
3. Menanam Keyakinan Dunia Akhirat.